Pour le cas particulier des mails, en général la méthode de cryptage est dite « asymétrique » ce qui signifie que l'on n'utilise pas les mêmes clefs pour crypter et décrypter. Succinctement, chacun des correspondants possède une clef privée et une clef publique calculée à partir de sa clef privée. La clef publique a pour but d'être diffusée au plus grand nombre et la clef privée doit restée confidentielle. L'envoyeur crypte son message avec sa clef privée et la clef publique du destinataire et celui-ci décrypte le message avec sa clef privée et la clef publique de l'envoyeur.

D'autre dispositifs utilise le système de clefs publique / clef privée, et il est aussi possible de lancer des attaques par cryptanalyse sur ces échanges.

En terme de solution, une méthode classique pour éviter de se faire casser une communication cryptée consiste à changer régulièrement de clefs durant la communication, un peu comme pour le cryptage de canal plus. Il est aussi conseillé d'utiliser un cryptage basé sur une clef de 128 bits.

Les seules solutions qui tiennent la distance impliquent des clefs très grandes, 1024 à 2048 bits, et l'utilisation d'algorithmes efficace, AES par exemple. Une méthode encore plus efficace consiste à crypter plusieurs fois successivement les archives en utilisant des algorithmes différents à chaque fois.